Die Medaille, die für ein herausragendes wissenschaftliches Lebenswerk vergeben wird, ist aus massivem Gold und trägt die Inschrift „Praemium virtutis salutem mortalium provehentibus sancitum“ (Als Anerkennung der Tüchtigkeit derer gestiftet, die das Wohl der Sterblichen fördern). Christian Andreas von Cothenius (1708–1789) vermachte ihr testamentarisch „eintausend Taler in Gold“ mit der Bestimmung, die Zinsen alle zwei Jahre zur Verleihung einer goldenen, mit dem Bild des Stifters gezierten Denkmünze für die beste Bearbeitung einer Preisfrage aus dem Gebiet der praktischen Medizin zu verwenden. Als einer der ersten erhielt sie 1864 der Arzt und Zoologe Ernst Haeckel. Seit 1954 wird die Cothenius-Medaille an bedeutende Forscherinnen und Forscher – in der Regel Mitglieder – für ihr Lebenswerk verliehen.