Bernhard Schölkopf entwickelt Algorithmen, mit denen Computerprogramme flexibel auf Situationen reagieren können. Zum Einsatz kommen seine Methoden und Programme in Anwendungen ganz unterschiedlicher Disziplinen – von der Medizin bis zur Wirtschaft. Mit seiner Forschung zu maschinellem Lernen und kausaler Inferenz will Schölkopf die Prinzipien von Wahrnehmen, Lernen und Handeln in intelligenten Systemen verstehen. Er baute die Abteilung für Empirische Inferenz am Max-Planck-Institut für biologische Kybernetik zu einem weltweit angesehenen Zentrum für maschinelles Lernen auf. 2011 war er Gründungsdirektor des Max-Planck-Instituts für Intelligente Systeme.

Nach dem Studium der Physik, Mathematik und Philosophie in Tübingen und London ging Schölkopf mit einem Stipendium an die amerikanischen Bell Labs, wo sein späterer Doktorvater Vladimir Vapnik gerade anfing, Support-Vektor-Maschinen (SVM) zu erforschen. 1997 promovierte Schölkopf an der TU Berlin in Informatik. Bereits im Vapnik-Team trug er entscheidend dazu bei, die SVM-Technologie zur Anwendungsreife zu entwickeln. Nach Tätigkeiten in Cambridge, England, und einem New Yorker Biotech-Startup wurde Bernhard Schölkopf 2001 Direktor am Max-Planck-Institut (MPI) für biologische Kybernetik in Tübingen. 2011 war er einer der Gründungsdirektoren des MPI für Intelligente Systeme in Tübingen.  Bernhard Schölkopf ist seit 2016 Mitglied der Leopoldina in der Sektion Informationswissenschaften.

Verliehen wurde ihm der mit einer Million Euro dotierte Preis der Körber-Stiftung am 13. September 2019 in Hamburg. Im vergangenen Jahr wurde der schwedische Molekularbiologie und Paläogenetiker Svante Pääbo, seit 2001 Mitglied der Leopoldina, mit dem Körber-Preis ausgezeichnet.