Aebersold widmet sich der Erforschung von Proteinen und gilt als Pionier der Proteomik, die die Gesamtheit aller Proteine eines Lebewesens analysiert. Er entwickelte eine Reihe von Analyse-Methoden und Computermodellen, mit deren Hilfe Proteine identifiziert, quantitativ gemessen und strukturell analysiert werden können. Beispielsweise hat Aebersold die Analyse der unzähligen gleichzeitig ablaufenden biochemischen Prozesse in einer Zelle mit neuen Messverfahren der Massenspektrometrie entscheidend vorangebracht.

Der gebürtige Schweizer wurde 1983 in Basel (Schweiz) in Zellbiologie promoviert. Anschließend forschte und lehrte Aebersold in den USA und Kanada: als Postdoc am California Institute of Technology in Pasadena (USA), als Assistenzprofessor an der University of British Columbia in Vancouver (Kanada) und als assoziierter sowie ordentlicher Professor an der University of Washington in Seattle (USA). Aebersold ist zusammen mit Leroy Hood und Alan Aderem Gründer des 2000 in Seattle eröffneten Instituts für Systembiologie. Bis 2020 war er Doppelprofessor an der ETH Zürich und an der Universität Zürich (beide Schweiz). Seit kurzem ist er Professor emeritus am Institut für Molekulare Systembiologie der ETH Zürich und Wissenschaftler am Tumor-Profiling-Projekt, einem Kooperationsprojekt verschiedener Schweizer Partner. Aebersold ist Träger zahlreicher namhafter Auszeichnungen, unter anderem des Human Proteome Organization Achievement Award 2005, des Otto-Nägeli-Preises 2010 und des Paracelsus Prize of the Swiss Chemical Society 2018. EMBO-Mitglied ist der Wissenschaftler seit 2006, Mitglied der Leopoldina seit 2014.

Die Preisträgerinnen und Preisträger des Wissenschaftspreises Marcel Benoist werden vom Schweizerischen Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (SNF) ausgewählt. Der Preis soll Aebersold Anfang November 2020 in Bern (Schweiz) überreicht werden.