Mit dem Übergang des Präsidentenamtes von Johann Michael Fehr (II. Präsident, 1666–1686) auf Johann Georg von Volckamer (III., 1686–1693) verlässt die Leopoldina im selben Jahr Schweinfurt und bezieht ihren neuen Sitz in der Freien Reichsstadt Nürnberg. Dort wird 1731 eine eigene Bibliothek mit Naturaliensammlung eröffnet. Die folgenden zwei Jahrhunderte zieht sie wiederholt um, da der Wohnort des jeweiligen Präsidenten laut Statuten zugleich Hauptsitz der Akademie ist. Zwischen 1686 und 1878 wechselt die Leopoldina fünfzehn Mal ihre Wirkungsstätte.
Diese „Wanderjahre“ werden von den politischen und gesellschaftlichen Entwicklungen des 18. und 19. Jahrhunderts markiert: Hatte die Akademie Schweinfurt 1686 nach dem 30-jährigen Krieg verlassen, erreicht sie die Stadt Halle 1878 in der Zeit der Hochindustrialisierung. Persönlichkeiten, die sich nicht nur durch wissenschaftliche, sondern auch durch organisatorische und bisweilen diplomatische Exzellenz auszeichnen, prägen zunehmend die Akademie und ihren Ruf. Als besonders tatkräftige Präsidenten jener Zeit gelten Lucas von Schroeck (IV., 1693–1730), Andreas Elias von Büchner (VI., 1735–1769) und Christian Gottfried Daniel Nees von Esenbeck (XI., 1818–1858).
1652-1686 Schweinfurt | 1788-1818 Erlangen |
1686-1693 Nürnberg | 1819-1830 Bonn |
1693-1730 Augsburg | 1830-1858 Breslau |
1730-1735 Altdorf | 1858-1862 Jena |
1735-1745 Erfurt | 1862-1878 Dresden |
1745-1769 Halle | seit 1878 Halle |
1770-1788 Nürnberg |
Besonders im 18. Jahrhundert öffnet sich die Leopoldina auch Mitgliedern von außerhalb der Wissenschaft. So werden Minister, Beamte, Kleriker als Mäzene oder Fürsprecher in die Akademie aufgenommen. Im Revolutionsjahr 1789 wird die erste Frau, Fürstin Katharina Romanowna von Daschkova, Mitglied. In den fünf Jahrzehnten zwischen 1769 und 1818 wählt die Leopoldina im Durchschnitt sieben neue Mitglieder pro Jahr. Dagegen nimmt sie allein 1818, im ersten Amtsjahr des Präsidenten Nees von Esenbeck, 54, vor allem jüngere, Wissenschaftler auf.