Bei der Aufnahme neuer Mitglieder versucht die Akademie zunächst, weiterhin die wissenschaftliche Leistung zugrunde zu legen. Mitgliedervorschläge müssen jedoch den faschistischen Machthabern vorgelegt werden, sie werden dort nach der politischen Einstellung zum „Neuen Deutschland“ beurteilt. Tiefpunkt in der Geschichte der vormals unabhängigen Akademie ist die Streichung vieler jüdischer Akademiemitglieder aus der Mitgliederliste, veranlasst durch Präsident Abderhalden. Die Streichungen erfolgen mit Bleistift und werden nach Ende des Zweiten Weltkriegs wieder rückgängig gemacht.

Ab Beginn des Zweiten Weltkriegs spiegelt sich in der Akademie die wachsende Isolation der deutschen Wissenschaftler von der internationalen Gemeinschaft wider. Nach Kriegsende im April 1945 ziehen zunächst amerikanische Truppen in Halle (Saale) ein. Da die Siegermächte die Besatzungszonen neu ordnen und Halle damit in der sowjetischen Zone liegt, lässt die amerikanische Militärverwaltung viele Wissenschaftler aus der Universität, darunter auch einige Leopoldina-Mitglieder, zuvor in ihre Besatzungszone abtransportieren.

Dazu gehört auch Abderhalden, der anschließend in die Schweiz zurückgeht und bis zu seinem Tod 1950 formal Leopoldina-Präsident bleibt. Vor Ort in Halle (Saale) trägt Vizepräsident Otto Schlüter (XXI., 1952–1953) die Verantwortung. Die ausgelagerten Archiv- und Bibliotheksbestände werden von der neuen Besatzungsmacht in die Sowjetunion gebracht. Das Verbot sämtlicher Vereine schränkt die Wirkungsmöglichkeiten der Akademie stark ein und führt dazu, dass keine Mitglieder mehr gewählt werden können.