Peter Hänggi forscht vor allem auf dem Gebiet der Statistischen Physik und der Quantenmechanik. Einen Namen hat er sich auch mit der Initiierung der Forschung zu sogenannten Brownschen Motoren gemacht. Solche Motoren sind der Versuch, die statistische Bewegung der Moleküle, die Brownsche Teilchenbewegung, in eine gerichtete Bewegung zu überführen und damit nutzbar zu machen.

Hänggi studierte Physik an der Universität Basel, wo er 1977 auch promoviert wurde. Nach Forschungsaufenthalten an der University of Illinois und der University of California San Diego, beide USA, war er bis 1987 Associate Professor am Polytechnic Institute of New York. 1986 wurde er auf die Professur für Theoretische Physik mit dem Schwerpunkt Statistische Physik an der Universität Augsburg berufen. Peter Hänggi ist seit 2003 Mitglied der Leopoldina in der Sektion Physik.