Der Schwerpunkt von Andrea Ablassers Forschung liegt auf den Mechanismen der angeborenen Immunität, mit der in den Körper eingedrungene Krankheitserreger erkannt und bekämpft werden. Das angeborene Immunsystem ist lebenswichtig für die Abwehr von Bakterien, Viren oder anderen Parasiten. Dazu nutzt es Rezeptoren, die darauf spezialisiert sind, „fremde“ molekulare Strukturen zu erkennen. Die Aktivierung der nachfolgenden Signalwege löst eine zelluläre Immunantwort aus, mit dem Ziel, die eingedrungenen Pathogene zu bekämpfen. Lange Zeit war nicht klar, wie dieser Prozess vonstattengeht, also wie DNA im Zellplasma erkannt wird und eine Immunantwort triggert. Mit der Entdeckung des Boten-Enzyms cGAMP und der Isolation des für die Signalumwandlung zuständigen Proteins STING machten der Biochemiker Zhijian „James“ Chen von der University of Texas in Dallas/USA und der Virologe Glen Barber von der Universität Miami/USA ab 2008 den ersten wichtigen Schritt, um diesen Prozess aufzuklären. Anfang 2013, erst wenige Monate nach Abschluss ihres Medizinstudiums, veröffentlichte Andrea Ablasser schließlich eine detailgetreue Beschreibung des Herstellungsprozesses und der chemischen Struktur des entdeckten Botenstoffes cGAMP, womit ihr ein grundlegender Durchbruch in diesem Forschungsgebiet gelungen ist. Die Arbeiten von ihr und ihren Forschungskollegen können den Weg zu neuen Therapieansätzen für die Bekämpfung von Krebserkrankungen oder die Behandlung von chronisch entzündlichen Erkrankungen ebnen.
Nach dem Medizinstudium wurde Andrea Ablasser 2010 an der Abteilung für Klinische Pharmakologie des Klinikums der Ludwig-Maximilians-Universität (LMU) München promoviert. Nach einer Postdoc-Stelle an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn wechselte sie 2014 in die Schweiz. Hier wurde sie zunächst Assistenzprofessorin (2014–2019), später Außerordentliche Professorin (2019–2021) und seit 2021 schließlich Professorin für Lebenswissenschaften an der Eidgenössischen Technischen Hochschule Lausanne (EPFL). Zwischen 2019 und 2022 gehörte sie parallel dem Swiss National Centre of Competence in Research (NCCR) in Chemical Biology an der Universität Genf/Schweiz an. Bereits vor Erhalt des Paul Ehrlich- und Ludwig Darmstaedter-Preises 2025 wurde Andrea Ablasser vielfach ausgezeichnet. Für die erwähnte Beschreibung des Botenstoffs cGAMP ehrte sie die Paul Ehrlich-Stiftung bereits 2014 mit dem Paul Ehrlich- und Ludwig Darmstaedter-Nachwuchspreis. Zudem ist sie Trägerin des von der Deutschen Krebsgesellschaft vergebenen Deutschen Krebspreises (2021), der Gold Medal der European Molecular Biology Organization (2021) und des Paul-Martini-Preises (2023). Die Leopoldina nahm Andrea Ablasser 2022 in die Sektion Mikrobiologie und Immunologie auf.
Der mit 120.000 Euro dotierte Paul Ehrlich- und Ludwig Darmstaedter-Preis gehört zu den international renommiertesten Auszeichnungen, die in der Bundesrepublik auf dem Gebiet der Medizin vergeben werden. Der Preis wird seit 1952 an Paul Ehrlichs Geburtstag, dem 14. März, in der Frankfurter Paulskirche verliehen. Mit ihm werden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler ausgezeichnet, die auf dem Forschungsgebiet von Paul Ehrlich (1854–1915) besondere Verdienste geleistet haben, insbesondere der Immunologie, Krebsforschung, Hämatologie, Mikrobiologie und Chemotherapie. Auch einige Leopoldina-Mitglieder gehören zu den Preistragenden, etwa die Immunologin und spätere Nobelpreisträgerin Emmanuelle Charpentier (2016), der Immunologe Michael Reth (2014) oder der Zellbiologe und Biochemiker Peter Walter (2012).