Joachim Mössner wird mit dem Bundesverdienstkreuz für seine Lebensleistung geehrt. Als Wissenschaftler forscht er auf dem Gebiet der Physiologie und Pathophysiologie der Bauchspeicheldrüse. In seinen Arbeiten beschäftigt er sich mit der Pathogenese der chronischen Pankreatitis. Dabei hat seine Arbeitsgruppe genetische Konstellationen entdeckt, zum Beispiel im Gen des kationischen Trypsinogens und des Chymotrypsins C, die das Risiko der Krankheitsentstehung deutlich erhöhen. Darüber hinaus hat er in seiner Amtszeit als Dekan unter anderem mit dem Ausbau der renommierten Gastroenterologie am UKL maßgeblich zur positiven Entwicklung der Medizinischen Fakultät Leipzig beigetragen. Damit hat er die Etablierung des Medizinstandortes Leipzig nach der Wiedervereinigung entscheidend mitgeprägt.
Joachim Mössner studierte ab 1970 Humanmedizin an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg, wo er 1978 promoviert wurde. Nach einer vierjährigen Tätigkeit als wissenschaftlicher Assistent an der Medizinischen Universitätspoliklinik der Universität Würzburg folgte 1983 ein zweijähriger Auslandsaufenthalt als Stipendiat der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) am Department of Physiology der University of California in San Francisco/USA. Zurück in Deutschland wurde Mössner 1986 Oberarzt und Leiter des Funktionsbereiches Gastroenterologie an der Medizinischen Universitätspoliklinik Würzburg. 1987 folgte die Habilitation an der Universität Würzburg. 1989 nahm er eine C3-Professur für Medizin an der Universität Würzburg an, bevor er 1993 C4-Professor für Innere Medizin und Direktor der Klinik und Poliklinik für Gastroenterologie und Rheumatologie am Department für Innere Medizin, Neurologie und Dermatologie am Universitätsklinikum Leipzig wurde. Diese Position hatte er bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2018 inne. Neben seinen Tätigkeiten als Prodekan (1996–1997) und Dekan (1997–2002) der Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig war Joachim Mössner unter anderem Präsident der Deutschen Gesellschaft für Gastroenterologie, Verdauungs- und Stoffwechselkrankheiten (1998–1999), Präsident der Sächsischen Gesellschaft für Innere Medizin (2009–2011), Erster Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für Innere Medizin (2011–2012) und Vizepräsident der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig (2016–2020). Für seine Leistungen wurde er im Laufe seiner Karriere vielfach mit Preisen und Ehrungen bedacht. 1985 erhielt er den Konstanzer Medizinischen Förderpreis und 1987 von der Deutschen Gesellschaft für Gastroenterologie, Verdauungs- und Stoffwechselkrankheiten (DGVS) den Martin-Gülzow-Preis. 2002 ernannte ihn die Polnische Gesellschaft für Gastroenterologie zum Ehrenmitglied, 2005 folgte die Ehrenmitgliedschaft in der Tschechischen Gesellschaft für Gastroenterologie und 2016 in der Mitteldeutschen Gesellschaft für Gastroenterologie (MGG). Zuvor wurde er bereits 2012 zum Honorary Fellow of the American College of Physicians ernannt. 2017 zeichnete ihn der European Pancreatic Club (EPC) mit dem Lifetime Achievement Award aus und 2018 erhielt er von der Bundesärztekammer die Ernst von Bergmann-Plakette. 2020 ernannte ihn die Deutsche Gesellschaft für Innere Medizin (DGIM) zu ihrem Ehrenmitglied. 1999 wurde Mössner als Mitglied in die Leopoldina in die Sektion Innere Medizin und Dermatologie aufgenommen.
Der Verdienstorden der Bundesrepublik Deutschland wird in acht verschiedenen Stufen verliehen – das Verdienstkreuz am Bande gilt dabei als Erstauszeichnung. Hiermit soll die Aufmerksamkeit der Öffentlichkeit auf hervorragende Leistungen gelenkt werden, die für das Gemeinwesen von besonderer Bedeutung sind. Als einzige allgemeine Verdienstauszeichnung gilt der Verdienstorden als die höchste Anerkennung, die die Bundesrepublik für politische, wirtschaftlich-soziale und geistige Leistungen und alle besonderen Verdienste um die Bundesrepublik Deutschland vergibt.