Eugen Seibold studierte Geologie in Bonn und Tübingen, wurde 1948 promoviert und habilitierte sich 1951. Zunächst Professor für Geologie in Tübingen, war er ab 1958 Professor und Direktor des Geologisch-Paläontologischen Instituts an der Universität Kiel. Seibold war mehrfach Fahrtleiter auf den Forschungsschiffen „Meteor“, „Valdivia“ und „Sonne“ sowie auf dem Tiefseebohrschiff „Glomar Challenger“. Sein Forschungsthema war der Einfluss von Klima, Wasserbewegung und der Morphologie des Meeresbodens auf die Sedimentation. Er leistete dadurch wichtige Beiträge zur Umweltforschung.
Eugen Seibold war von 1980 bis 1985 Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) sowie 1984 bis 1990 Präsident der European Science Foundation. Die Leopoldina wählte ihn 1971 zum Mitglied und verlieh ihm 1987 die Ehrenmitgliedschaft sowie 2003 die Verdienstmedaille.
Die Hochsee-Forschungsyacht „RV Eugen Seibold“ ist mit einem Hybridantrieb ausgestattet, der es ermöglicht, Meerwasser-, Luft- und Planktonproben zu nehmen, ohne diese durch Abgase des Schiffsdiesels zu verunreinigen. Die Yacht wird vom Max-Planck-Institut für Chemie in Mainz betrieben, an dem der Klimageologe und Leopoldina-Mitglied Gerald Haug Direktor ist.