Stefan Kaufmann forscht zur Immunantwort gegen intrazelluläre bakterielle Krankheitserreger, insbesondere über die Mechanismen der Infektabwehr bei der Tuberkulose. Mit seinen Forschungen hat er entscheidend zu Entwicklung thearpeutischer und präventiver Perspektiven für die Behandlung der Tuberkulose beigetragen.
Kaufmann studierte Biologie an der Universität Mainz und habilitierte sich an der Freien Universität Berlin am Fachbereich Natur- und sozialwissenschaftliche Grundlagenmedizin und medizinische Ökologie. Zunächst Professor für Immunologie an der Universität Ulm, wurde er 1993 zum Gründungsdirektor am Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie Berlin berufen und ist seit 1998 zugleich Honorarprofessor an der Charité Berlin. Stefan Kaufmann ist seit dem Jahr 2000 Mitglied der Leopoldina in der Sektion Mikrobiologie und Immunologie.