Während seiner fünfjährigen Amtszeit als Präsident der Alexander von Humboldt-Stiftung gelang es Pape, das Profil der Stiftung zu stärken und sie als wichtige Akteurin bei der Bewältigung großer internationaler Herausforderungen zu positionieren. So konnten etwa mit der Philipp Schwartz-Initiative der Humboldt-Stiftung Brückenstipendien nach der Machtübernahme der Taliban in Afghanistan angeboten werden, um geflüchteten Forscherinnen und Forschern eine Perspektive in Deutschland zu bieten. Diese wurden nach dem russischen Angriff auf die Ukraine flexibel und schnell ausgebaut. Auch entstanden während seiner Präsidentschaft neue, innovative Formate der Wissenschaftskommunikation, etwa das Humboldt Communication Lab und das Humboldt Residency-Programm. Auf seinem Forschungsfeld, den neurophysiologischen Grundlagen des emotionalen Verhaltens, gilt Pape als einer der weltweit führenden Experten. Schwerpunkte seiner Arbeit liegen auf den Mechanismen von emotionalem Verhalten, Furcht, Angst und Angsterkrankungen. Einen weiteren Forschungsschwerpunkt bilden die rhythmischen Aktivitätszustände des Gehirns, die den Wach-Schlaf-Zyklus aber auch Formen der Epilepsie bestimmen.
Pape studierte Biologie an der Ruhr-Universität Bochum, promovierte 1986 an der Universität Essen und war anschließend als Postdoktorand an den US-amerikanischen Universitäten in New York und Yale tätig. 1992 habilitierte er sich an der Ruhr-Universität Bochum im Fach Physiologie. Von 1994 bis 2004 war Pape Professor für Physiologie an der Otto-von-Guericke Universität Magdeburg, folgte 2004 aber einem Ruf an die Universität Münster. Dort ist er seitdem Professor und Direktor des Instituts für Physiologie I. 2018 folgte Pape auf Molekularchemiker und Leopoldina-Mitglied Helmut Schwarz als Präsident der Alexander von Humboldt-Stiftung. Seit 2023 ist Leopoldina-Mitglied Robert Schlögl sein Nachfolger in dieser Funktion. Zudem war Pape u. a. Mitglied des Senats der Deutschen Forschungsgemeinschaft und des Wissenschaftsrats sowie diverser wissenschaftlicher Beiräte, etwa an den Universitäten in Helsinki/Finnland, Berlin, Heidelberg oder Göttingen. Hans-Christian Pape erhielt für seine Forschungen eine Vielzahl an wissenschaftlichen Auszeichnungen, u. a. den Gottfried Wilhelm Leibniz-Preis der Deutschen Forschungsgemeinschaft (1999) oder den Max-Planck-Forschungspreis der Alexander von Humboldt-Stiftung (2007). Die Leopoldina nahm Pape 2003 als ihr Mitglied in die Sektion Neurowissenschaften auf.
Mit dem Verdienstkreuz 1. Klasse des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland erhält Pape nun die höchste Anerkennung des Bundes für Verdienste um das Gemeinwohl. Mit den Ordensverleihungen lenkt der Bundespräsident die öffentliche Aufmerksamkeit auf hervorragende Leistungen, denen er für das Gemeinwesen besondere Bedeutung beimisst. Die Auszeichnung wurde Pape am 18. Januar von Katja Keul, Staatsministerin im Auswärtigen Amt, in Berlin verliehen.