Stefan Husters Expertise liegt auf dem Gebiet der Gesundheitspolitik, die er aus verfassungsrechtlicher, rechtsphilosophischer und sozialrechtlicher Perspektive untersucht. Er beschäftigt sich mit der Frage, wie ein solidarisches Gesundheitssystem aussehen kann und welche Faktoren es bestimmen. Dazu hat er Studien unter anderem zur Priorisierung in der Medizin sowie zu ethischen und rechtlichen Fragen von Genomforschung und personalisierter Medizin durchgeführt. In Bezug auf die Priorisierung in der Medizin untersucht er zum Beispiel, welche Kriterien zu transparenten und nachvollziehbaren Entscheidungen führen, die die Interessen von Patientinnen, Patienten, Ärztinnen und Ärzten ernst nehmen. Im Zusammenhang mit dem demografischen Wandel hat der Rechtsexperte das Konzept der „gesundheitlichen Eigenverantwortung“ analysiert und ergründet, wann Anreize zur Eigenverantwortung rechtlich vertretbar und ökonomisch sinnvoll sind.
Stefan Huster nahm 2002 eine Professur für Deutsches und Europäisches Verfassungs- und Verwaltungsrecht an der FernUniversität in Hagen an und wechselte zwei Jahre später an den Lehrstuhl für Öffentliches Recht, Sozial- und Gesundheitsrecht und Rechtsphilosophie der Ruhr-Universität Bochum. 2005 wurde er zum geschäftsführenden Institutsdirektor berufen. Seit 2015 ist Huster Mitglied der Kommission „Wissenschaftsethik“ der Leopoldina, die ihn 2018 zu ihrem Mitglied in die Sektion „Wissenschaftstheorie“ wählte. Im selben Jahr erhielt er außerdem den 1. Preis „Medizin und Ethik“ der Ärztlichen Verrechnungsstelle Gauting.
Huster löst als neuer Vorsitzender der AMNOG-Schiedsstelle Prof. Dr. Jürgen Wasem, Professor für Medizinmanagement an der Universität Duisburg-Essen, ab. Die Neubesetzung des Gremiums erfolgte durch gemeinsame Entscheidung des GKV-Spitzenverbands sowie der Pharma-Spitzenorganisationen BAH, BPI, vfa und Pro Generika. Als Husters Stellvertreter wurde der Rechtswissenschaftler Prof. Dr. Thorsten Kingreen von der Universität Regensburg ernannt.