Stefan M. Pfister erforscht die molekularen Grundlagen von Hirntumoren bei Kindern. Er klassifiziert die Tumore, identifiziert ihr genetisches Repertoire und bewertet Hinweise auf eine erbliche Veranlagung. Dabei hat Pfister Veränderungen im Erbgut der Tumoren entdeckt, die als Biomarker für den Krankheitsverlauf und die Ansprache von Therapien genutzt werden können. Die Klassifikation von Hirntumoren über deren molekulare Profile (Methylierungs-basierte Tumorklassifikation), die Pfister und sein Team maßgeblich mitentwickelten, hat mittlerweile breiten Eingang in die WHO-Klassifikationen für Tumoren des Zentralnervensystems und Pädiatrische Tumoren gefunden. Stefan Pfisters Forschung trägt wesentlich dazu bei, auf dem Gebiet der Onkologie molekulare Erkenntnisse in die klinische Anwendung zu übertragen. Hirntumoren zählen nach Blutkrebs zu den häufigsten Krebsarten bei Kindern und sind die Hauptursache krebsbedingter Kindersterblichkeit.
Stefan M. Pfister ist Direktor der Präklinischen Kinderonkologie am Hopp-Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ) und leitet die Abteilung Pädiatrische Neuroonkologie am Deutschen Krebsforschungszentrum in der Helmholtz-Gemeinschaft (DKFZ). Er ist stellvertretender Leiter der Sektion Pädiatrische Hirntumoren und frühe klinische Studien am Universitätsklinikum Heidelberg. Für seine Forschungen erhielt Pfister zahlreiche Auszeichnungen, darunter den Deutschen Krebspreis 2013, den internationalen Preis für translationale Neurowissenschaften der Gertrud-Reemtsma-Stiftung im Jahr 2016 oder den Léopold Griffuel Award der Association pour la Recherche sur le Cancer 2021. Der Leopoldina gehört Stefan M. Pfister seit 2020 in der Sektion Gynäkologie und Pädiatrie an.
Der Landesforschungspreis Baden-Württemberg wird jährlich vom dortigen Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst gemeinsam mit der Heidelberger Akademie der Wissenschaften vergeben. Seit 1989 würdigt das Land damit herausragende wissenschaftliche Leistungen aller Disziplinen. Das Preisgeld in Höhe von 100.000 Euro gilt als höchste Dotierung eines Forschungspreises, der durch ein Bundesland vergeben wird.