Joachim Messing studierte Pharmazie in Berlin und wurde 1975 in München im Fach Biochemie promoviert. Nach Stationen am Max-Planck-Institut für Biochemie in München, an der University of California, Davis und der University of Minnesota, St. Paul ist er seit 1985 Professor für Molekularbiologie an der Rutgers University und seit 1988 Direktor des Waksman Institute of Microbiology der Rutgers University.

Messing forscht zur Molekularbiologie der Pflanzenentwicklung, zu Pflanzengenomik und Bioinformatik. Er ist vielfach ausgezeichnet worden, u.a. 2013 mit dem Wolf-Preis in Agrarwissenschaften. Joachim Messing ist seit 2007 Mitglied der Leopoldina in der Sektion Genetik/Molekularbiologie und Zellbiologie.