Ernst-Ludwig Winnackers wissenschaftliche Schwerpunkte liegen in den Bereichen Virus-Zell-Wechselwirkungen, Mechanismen der Genexpression in höheren Zellen und Prionen-Krankheiten. Er zählt zu den bedeutendsten Forschungsmanagern Deutschlands. Als Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) sowie als erster Generalsekretär des Europäischen Forschungsrates (ERC) war er prägend für die deutschen Hochschulen und Institute.

Winnacker wurde 1968 an der Eidgenössischen Technischen Hochschule (ETH) Zürich (Schweiz) promoviert. 1977 erhielt er eine Professur an der Unversität München und leitete von 1984 bis 1997 als Direktor das Labor für Molekularbiologie am dortigen Genzentrum. Von 1984 bis 1987 war Winnacker Mitglied der Enquête-Kommission des Deutschen Bundestages zu Chancen und Risiken der Gentechnologie. Von 1998 bis 2006 war er Präsident der DFG, von 2007 bis 2009 Generalsekretär des ERC sowie von 2009 bis 2015 Generalsekretär des Human Frontier Science Program (HFSP). Die Leopoldina wählte Ernst-Ludwig Winnacker 1988 zum Mitglied.

Mit der Aufnahme in die Hall of Fame der deutschen Forschung zeichnet das manager magazin seit 2009 jährlich Wissenschaftler aus, die einen herausragenden Beitrag zur Weiterentwicklung der Forschung in Deutschland geleistet und damit auch den Wirtschaftsstandort Deutschland im internationalen Wettbewerb gestärkt haben. Unter den 22 Wissenschaftlern, die in die Hall of Fame aufgenommen wurden, sind mit Ernst-Ludwig Winnacker nunmehr 13 Mitglieder der Leopoldina.