Nach der Suche eines dafür geeigneten Ortes, Auswahl der Objekte, Dokumentierung und Verpackung begann im Oktober 1943 der Abtransport von

• 6.902 Bänden der Bibliothek,
• 59.512 Schriften aus dem Mitgliederarchiv,
• 3.780 Mappen geschichtliches und persönliches Archiv,
• 70 Bänden Diplome, Biographien und Nachrichten,
• 15 Bänden Fotoalben,
• 13 Ölgemälden,
• sowie Plaketten, Medaillen, Nachlassmaterial, Lagerbestände der Akademieveröffentlichungen in 500 Kisten und ca. 4.600 Paketen. Ausgelagert wurde in einen stillgelegten Kalischacht in Wansleben bei Eisleben.

1944 nimmt die SS große Teile des Schachtes als Rüstungsbetrieb in Beschlag. Das Bergungsgut wird innerhalb des Schachtes umgelagert.

Mitte April 1945 erreicht die US-Armee das Gebiet und sichert das Bergungsgut. Die Bemühungen der Leopoldina um Rückführung bleiben bis zum Wechsel der Besatzungsmacht im Juli 1945 ohne Erfolg.

Der damalige Leopoldina-Präsident, Emil Abderhalden, muss auf Geheiß der amerikanischen Armee Halle verlassen. Otto Schlüter, Vizepräsident der Akademie, führt die weiteren Verhandlungen mit der sowjetischen Militäradministration.

Unter der Bedingung einer Gegenlieferung von 15 Tonnen Heizmaterial soll das gesamte Gut zurückgegeben werden. Tatsächlich durfte dann aber nur ein größerer Teil der ausgelagerten Akademieveröffentlichungen nach Halle zurückgeführt werden.

1957 kommen nach der Erklärung der Regierungsdelegationen der DDR und der UdSSR über die „gegenseitige Rückführung von Kulturgütern” vorwiegend Archivbestände und Teile des Mitgliederarchivs zurück, nicht aber die ca. 7.000 wertvollen Bände der Bibliothek.